Pre každé národné spoločenstvo sú nesmierne dôležití jedinci, ktorí v priebehu svojho života s veľkým nasadením dbali o blaho národa, pričom vlastné potreby neraz odsúvali na vedľajšiu koľaj. Jednotlivé historické epochy v kontexte slovenských dejín sa takmer spravidla vyznačovali osobnosťami, ktoré svojím životným dielom zosobňovali fenomény daného obdobia. Mimoriadne zaujímavým historickým úsekom bolo 19. storočie, keď do prostredia odohrávajúcich sa dejinných procesov formovania moderného slovenského národa vystúpilo viacero národných velikánov. Spravidla si vybavíme hneď ako prvé Ľudovíta Štúra a jeho stúpencov, ktorí dostali pomenovanie štúrovci a odzrkadľovali tretiu fázu formovania moderného slovenského národa. Na pochopenie mnohých historických súvislostí je však potrebné nazrieť aj do životných osudov predchádzajúcich dvoch fáz formovania slovenského národa. Chceme preto pozornosť upriamiť na život a dielo Pavla Jozefa Šafárika, ktorý bol vedľa Jána Kollára hlavným predstaviteľom práve druhej fázy formovania moderného slovenského národa. Pavla Jozefa Šafárika spravidla vnímame ako národného buditeľa, slovenského spisovateľa, básnika, historika, literárneho vedca, etnografa či zakladateľa slavistiky. Tieto charakteristiky nás vedú k tomu, aby sme hlbšie nahliadli do jeho životného príbehu, pretože je viacrozmerne prepojený so slovenskými i slovanskými pomermi, s ich charakteristikami a vývinovými tendenciami.
Pavol Jozef Šafárik sa narodil 13. mája 1795 ako najmladší z piatich detí v rodine evanjelického kňaza a učiteľa v dedine Kobeliarovo. Od raného detstva vyrastal v prostredí, kde vzdelávaniu sa dostávalo primerané miesto. S dospievaním postupne prenikal do slovenského kultúrneho prostredia a práve spätosť so životom národa sa odrážala v neskorších skutkoch, túžbach a náhľadoch. Základné vzdelanie získal od otca, ktorý mal záľubu v zberateľstve a štúdiu starých kníh. Jeho ďalšie kroky za vyšším vzdelaním smerovali do Rožňavy, kde študoval na nižšom gymnáziu v rokoch 1805 – 1808, v rokoch 1808 – 1810 pokračoval v štúdiách v Dobšinej. Ďalším miestom Šafárikových štúdií bolo evanjelické gymnázium v Kežmarku, ktoré malo dôležité miesto v jeho osobnostnom vývoji. Strávil tu časové rozhranie rokov 1810 – 1814, pričom sa čoraz viac otváral záujmu o štúdium filológie, literatúry a dejín Slovanov. Doviedlo ho k tomu okrem iného aj priateľstvo s Jánom Benediktim (Blahoslavom), neskorším pedagógom a kultúrnym pracovníkom, s ktorým strávili veľa času pri oboznamovaní s literárnymi dielami slovenských a českých autorov. Osobitne ho ovplyvnili práce českých filológov Josefa Dobrovského a Josefa Jungmanna. Na druhej strane, Kežmarok je spätý s počiatkami Šafárikovej pedagogickej činnosti. Po absolvovaní evanjelického lýcea v roku 1814 zostal ešte rok v meste a pracoval ako súkromný vychovávateľ v rodine Dávida Goldbergera.
Po ročnej vychovávateľskej skúsenosti sa P. J. Šafárik rozhodol pokračovať v štúdiách v Nemecku na univerzite v Jene, v tom čase obľúbenej univerzite. Údajne sa rozhodol pre univerzitu v Jene na základe otcovho želania, ktorý sa písomne zaviazal, že bude znášať finančné náklady štúdia v Jene. Možno povedať, že otec Pavol Šafárik bol hrdý, že jeho syn chcel kráčať v jeho intelektuálnych šľapajach. Mladý univerzitný študent v Jene býval v jednom dome so Samuelom Ferjenčíkom a Ondrejom Jamriškom. V poslednom roku štúdia sa dokonca opäť stretol s Jánom Benediktim. Treba spomenúť, že zásluhou Samuela Ferjenčíka sa Pavol Jozef Šafárik osobne spoznal s Johannom Wolfgangom von Goethem a s Jánom Chalupkom. Nie je to nič prekvapujúce, keďže všetkých spájali spoločné literárno-umelecké záujmy.
Spravidla pri skúmaní životných príbehov vzdelancov napr. Mateja Bela či Ľudovíta Štúra, ale rovnako v Šafárikovom prípade sa dozvedáme, že univerzitné štúdium ich zásadne ovplyvnilo, poskytlo im nevyčerpateľnú studnicu vedomostí, z ktorej ťažili po celý nastávajúci život. Pavol Jozef Šafárik v priebehu univerzitného štúdia navštevoval prednášky z oblastí histórie, filológie (klasické jazyky a jazykoveda) a prírodných vied. Pozorne študoval diela filozofov ako Johanna Gottfrieda von Herdera alebo Johanna Gottlieba Fichteho. Okrem štúdia klasickej literatúry pozornosť venoval aj súčasnej literárnej tvorbe. Šafárik údajne prišiel študovať do Nemecka s predsavzatím, že bude študovať teológiu a stane sa evanjelickým kňazom. Ale práve na univerzite v Jene zmenil rozhodnutie. Popri navštevovaní prednášok venoval značný čas bádaniu v univerzitnej knižnici. Vďaka odporúčaniu Josefa Dobrovského získal prístup k bohatým knižničným fondom. V rámci samoštúdia uskutočnil niekoľko prekladov z klasických jazykov a nemčiny. Svoje filologické vedomosti sa usiloval uplatniť nielen v jemu blízkej klasickej literatúre, ale aj v načrtnutí možnosti rozvoja slovenskej literatúry. Získané výsledky zosumarizoval v roku 1817 v diele Promluvení k Slowanům. Pod vplyvom uvedených faktorov sa začali rodiť Šafárikove bádateľské plány, keď sa od pôvodného záujmu venovať sa teológii posunul k vychovávateľstvu a túžbe stať sa učencom. Práve počas univerzitného pobytu v Jene sa výraznou mierou formovala odborná a vedecká stránka Šafárikovej osobnosti. Osvojil si potrebné metódy vedeckého bádania, čím získal potrebnú metodologickú prípravu pre nastávajúcu vedeckú činnosť. Šafárikovo univerzitné štúdium v Jene trvalo len dva roky, keďže na začiatku mája 1817 odišiel s dokladom o absolvovaných štúdiách. Príčin náhleho odchodu P. J. Šafárika sa dá predpokladať niekoľko. Mohlo ísť o zásah vlády vo Viedni, ktorá nedovoľovala študentom z Uhorska študovať v Nemecku, kde sa v tom čase v študentských spolkoch objavovali vlastenecké myšlienky na zjednotenie Nemecka. K tomu možno dodať, že P. J. Šafárik bol v tomto smere pomerne obozretný, pretože už v časoch štúdia sa podobným nacionálnym aktivitám vyhýbal. Dôvodom odchodu z univerzity však mohla byť aj finančná tieseň.
Počas cesty naspäť domov sa krátko zastavil v Lipsku, ale najmä v Prahe, kde sa stretol s niektorými českými národovcami. Po krátkom pobyte sa dostal cez Viedeň do Bratislavy. Pavol Jozef Šafárik sa tu stretol s Františkom Palackým. Zoznámil sa s ním pričinením Jána Blahoslava Benediktiho. V júni 1817 dostal Šafárik pozvanie na miesto vychovávateľa v rodine Gašpara Kubínyiho v Bratislave. Pozvanie prijal a na miesto nastúpil 20. augusta 1817. Hlavnou náplňou pracovnej činnosti bola výchova syna Ladislava. Vo všeobecnosti ho k prijatiu tohto prvého zamestnania mohlo viesť zopár dôvodov: priestor na vedeckú prácu, vyrovnanie dlžoby u brata Jána, postavenie mesta Bratislavy ako kultúrneho centra a zároveň kubínyiovskej rodiny v rámci spoločenského rebríčka. Ďalším dôvodom, ktoré len umocnilo Šafárikovo rozhodnutie zotrvať v Bratislave, bolo priateľstvo s Františkom Palackým. Spolu viedli mnohé diskusie, ktoré zúročili v literárnoteoretickom diele Počátkové českého básnictví obzváště prosodie. Dielo bolo vydané v roku 1818. Išlo o jedinečné zakomponovanie ideálu antickej literatúry v súvislosti so slavistikou, implementácia estetických noriem antiky do domácej poézie pri použití časomernej prozódie. Klasicizmus prenikol teda i do slovenskej literatúry. Pavol Jozef Šafárik v spolupráci s Františkom Palackým dokázal rovnocennosť slovanských a klasických jazykov s dôrazom na gréčtinu. Pri pohľade do kontextu doby dosiahlo dielo úspech aj v tom smere, že antické vzory sa opätovne na určitý čas dostali do popredia. Keďže išlo o prepojenie literárnej teórie a umenia, môže sa takisto zdať, že Šafárik chcel zavŕšiť svoju mladícku literárno-umeleckú tvorbu, pretože v nasledujúcich rokoch mala práve ona ustúpiť v prospech prísnej vedeckej práci. V rámci literárnej činnosti, najmä ak hovoríme o umení, mal Šafárik blízko k básnickej tvorbe. Rozsahom nie je síce veľmi rozsiahla, tvorí ju niekoľko desiatok básní, ktoré napísal a publikoval výlučne v prvej fáze svojich literárnych pokusov, ktoré spadajú do obdobia rozpätia rokov 1814 – 1817. Ako devätnásťročný vydal svoju básnickú zbierku Tatranská múza s lýrou slovanskou. V čase univerzitného štúdia v Jene publikoval približne sedemnásť básní v prílohe českých Vídeňských novin, v Prvotinách pěkných umění, ktoré vydával vo Viedni Jan Nepomuk Hromádko. Okrem toho v čase pobytu v Jene preložil komédiu Oblaky, ktorú napísal antický autor Aristofanes. Z toho možno usúdiť, že Šafárik sa v čase svojho vedeckého dozrievania pohyboval niekde medzi antickou literatúrou a slavistikou, vedou a umením.
Významnou dejinnou križovatkou v živote P. J. Šafárika bol rok 1819. Na jar v tom roku sa osobne spoznal s Jánom Kollárom. Do rodiacej sa spolupráce vstúpila závažná udalosť, keď sa Šafárikovo miesto vychovávateľa v rodine Gašpara Kubínyiho chýlilo ku koncu. Domáci i českí vlastenci vnímali odchod nadaného Šafárika z Bratislavy ako veľkú stratu v práci pre národ. Niekoľko týždňov pred odchodom na nové pôsobisko v Novom Sade pobudol v rodnom Gemeri, Kobeliarove a u starého otca v Hankovej. Bol to vôbec posledný Šafárikov pobyt v rodisku, do ktorého sa už nevrátil.
Pavol Jozef Šafárik ako vzdelanec dostal niekoľko ponúk nastúpiť miesto profesora na evanjelických školách v Hornom Uhorsku, ale on sa rozhodol pre odchod na Dolnú zem. Konalo sa tam výberové konanie na miesto riaditeľa a prvého profesora na srbskom pravoslávnom gymnáziu v Novom Sade, ktoré vyhlásila miestna pravoslávna cirkev na jar 1819. Podmienkou bolo získanie doktorátu. S pomocou a odporúčaním opäť Jána Blahoslava Benediktiho sa mu ho podarilo získať 5. apríla 1819. Rovnako zásluhou Jána Blahoslava Benediktiho, ale aj ďalších popredných srbských činiteľov voľba nového riaditeľa gymnázia padla na P. J. Šafárika, najmladšieho spomedzi prihlásených uchádzačov. Šafárikovo rozhodnutie žiť ďaleko od domova podnietilo najmä to, že chcel pracovať v slovanskom prostredí. Preto sa ani nemožno čudovať, že mladý doktor Jenskej univerzity Pavol Jozef Šafárik po príchode do Nového Sadu 15. septembra 1819 bol oduševnený prostredím, mestom i samotnou budovou gymnázia. Napísal tak hneď po príchode priateľovi Františkovi Palackému. Oficiálne funkciu riaditeľa Šafárik prevzal slávnostným prejavom, ktorý predniesol v latinčine. Obsah prejavu koncipoval do niekoľkých častí. Hovoril o dejinách gymnázia, profesoroch a ich povinnostiach, predstavil svoje pedagogické názory a novú koncepciu školy, oboznámil prítomných s návrhom reforiem, ktoré plánoval uskutočniť. Nový riaditeľ i napriek tomu, že všetci vyučujúci na gymnáziu boli Srbi, zapôsobil na domácich a získal si ich priazeň. Šafárik očarený antickou vzdelanosťou videl základ svojej koncepcie vo vytvorení gymnázia klasického vzoru. Podarilo sa mu presadiť drobnejšie zmeny v učebnom pláne rozšírením učebných predmetov o kreslenie a rysovanie. Sám, zoberúc do úvahy vyhlásenie v slávnostnom prejave, vyučoval matematiku (algebru i geometriu), fyziku, logiku, rétoriku, poéziu, štylistiku, výklad klasických diel v prvej humanitnej triede. Rétoriku, poetiku, latinskú a grécku poéziu vyučoval v šiestej triede. Vyučoval po latinsky, nemecky a napokon po zosilnení maďarizácie v posledných dvoch-troch rokoch pôsobenia na novohradskom gymnáziu vyučoval maďarčinu ako vyučovací predmet. V čase vykonávanie funkcie riaditeľa P. J. Šafárikom sa s nadšením začali zbierať knihy pre zakladajúcu knižnicu. Keďže Šafárik mal slabosť pre staršiu slovanskú literatúru, bol nadšený rozširovaním fondu o vzácne staroslovienske literárnohistorické pamiatky.
Počas prvých dvoch rokov pôsobenia v Novom Sade žil v dome bohatého mešťana Servického. Pavol Jozef Šafárik bol človek s požadovaným spoločenským vystupovaním a zároveň sa vyznačoval mimoriadnym pracovným nasadením, čím si získal veľkú autoritu. Preto sa nemožno čudovať, že v roku 1821 synovec srbského patriarchu Stefana Stratimirovića Toša Stratimirović požiadal Šafárika, aby prevzal výchovnú starostlivosť nad jeho synom Milošom. Pavol Jozef Šafárik prijal túto žiadosť, možno to bolo aj z vďaky, pretože ako sa na niektorých miestach píše, do Nového Sadu prišiel práve na pozvanie srbského metropolitu Stefana Stratimiróvica, ktorý ho čoskoro aj vymenoval za riaditeľa tunajšieho gymnázia. Zaiste si Šafárik, potom ako prijal miesto vychovávateľa, získal nielen väčšiu priazeň tunajšej aristokracie, no zároveň dostal k dispozícii časť domu rodiny svojho zverenca v Novom Sade. Šafárikovi sa o byt a stravu starala kuchárka, ktorú mu takisto platili. Milošova výchova a vzdelávanie síce prebiehali v Novom Sade, ale Šafárik často navštevoval rodinu Stratimirovićovcov v Kulpíne, kde pracoval na svojich vedeckých dielach. Zásadné zmeny nastali aj v Šafárikom súkromnom živote. Dňa 17. júna 1822 vstúpil do manželského zväzku s devätnásťročnou Júliou Ambrózy de Séden. Pochádzala z drobnej slovenskej zemianskej rodiny. Narodila sa 19. novembra 1803 vo Veľkej Kikinde (Torontálská župa, dnešný Banát). Bola nesmierne inteligentná, neobyčajne sčítaná a temperamentná. Ovládala niekoľko slovanských jazykov: slovenčinu, češtinu, srbčinu a ruštinu. Pavol Jozef Šafárik v nej našiel nenahraditeľnú pomocníčku pri svojej vedeckej práci. Počas manželstva sa im narodilo jedenásť detí, ale dospelosti sa dožili len štyri. Okrem uzavretia sobáša bol rok 1822 podobne významný i v národnom ohľade. V Pešti sa uskutočnilo posledné stretnutie priateľov v zostave Šafárik, Palacký, Benedikti a Kollár. Podľa všetkého tu v rámci spoločného stretnutia načrtli hlavné body budúceho programu práce pre národ.
Nad pokojným obdobím pôsobenia P. J. Šafárika na gymnáziu v Novom Sade sa začali okolo roku 1824 postupne čoraz väčšmi zaťahovať mračná. Od začiatku ako riaditeľ gymnázia, podriadený cirkevnej i svetskej vrchnosti, musel zápasiť s istou byrokraciou a ekonomickou stránkou riadneho fungovania tejto vzdelávacej inštitúcie. S tým sa Šafárik ako-tak vyrovnal. Horšie bolo nariadenie vlády, ktoré zakazovalo srbskej pravoslávnej cirkvi zamestnávať evanjelických vzdelancov z Uhorska na gymnáziách a celkovo v svojich službách. Na základe tohto nariadenia bol v roku 1825 P. J. Šafárik ako evanjelik zbavený funkcie riaditeľa, ale ako nadaný vzdelanec dostal výnimku s možnosťou naďalej pôsobiť na gymnáziu ako bežný radový profesor. Plat radového profesora ho poznačil nielen na existenčnej úrovni, keďže musel živiť aj rodinu, sťažil mu aj ďalšie bádanie. Napriek tomu, že niekoľko ráz ťažko ochorel, ani zhoršená finančná situácia ho pri vedeckej práci nezlomila. Práve naopak. Zapájal sa do mnohých srbských aktivít. Od roku 1825 sa podieľal spolu s kolegom profesorom Georgijem Magaraševićon (1793 – 1830) na príprave prvých čísel a sám spracoval niekoľko príspevkov do časopisu Serbska letopis, ktorý prerástol do Letopisu Matice srpske. Podarilo sa mu takisto získať prístup do archívov a knižníc pravoslávnych kláštorov, kde nazhromaždil množstvo cenných historických prameňov. Knižné novinky mu zase neprestajne posielali jeho známi. Ako sme to už na niektorých miestach zdôraznili, od mladíckej záľuby v poéziu sa preorientoval na jazykovedu, literárnu vedu a históriu. A práve istou syntézou tých spomenutých troch vedeckých oblastí sa mu stala po nemecky písaná vedecká práca Geschichte der slawischen Sprache und Literatur nach allen Mundarten (Dejiny slovanských jazykov a literatúr vo všetkých nárečiach). Uvedené dielo vydané v roku 1826 v Pešti sa považuje za vôbec najvýznamnejšie Šafárikovo dielo z novosadského obdobia. Na napísanie tohto diela mal niekoľko dôvodov. Chcel dosiahnuť určitú zrozumiteľnosť a získať záujem o slovanskú problematiku v kruhoch vtedajších učencov. Hneď v úvode na to poukázal: „Výhody, aké poskytuje účelne zamerané štúdium literárnych dejín, sú také zrejmé a uznávané, že obšírny výklad o nich bol by na tomto mieste celkom zbytočný. Mladému študentovi a začínajúcemu učencovi otvára pohľad v nedozerný priestor ľudskej vedy a umenia, vnuká úctu k cudzím zásluhám a výdobytkom, chráni pred každou chorobnou jednostrannosťou, pred každou domýšľavosťou, burcuje a podporuje plodnú účasť v slovenskom živote na duševných snaženiach šľachetnejšej čiastky ľudstva.“ Popritom sa pokúšal uvedeným dielom propagovať históriu a kultúrnu úroveň Slovanov. Podporil ním model jednotného slovanského národa, do ktorého celku patrili všetky slovanské kmene, t. j. dnešné národy s ich nárečiami. V práci rozpracoval najstaršie dejiny Slovanov v rámci pôvodu a teritoriálneho umiestnenia, zaoberal sa náboženstvom a mravmi, spomenul kultúru a jazyk starých Slovanov, rozdelenie slovanských kmeňov a charakter, osudy a stav literárnej kultúry Slovanov vo všeobecnosti a v prvej polovici 19. storočia. Práca sa dočkala priaznivého ohlasu a povzbudila Šafárika v ďalšom historickom bádaní. Nadobudnutý rozhľad a záujem o preniknutie do jadra problému ho doviedli k tomu, že spočiatku bežná recenzia práce Vavrinca Surowieckeho prerástla do rozsiahlejšej práce, ktorú v roku 1828 vydal pod názvom Über die Abkunft der Slawen Nach Lorenz Surowiecki (O pôvode Slovanov podľa Vavrinca Surowieckeho, 1828). Na P. J. Šafárika výrazne pôsobilo srbské prostredie, ktorého sa krátko po príchode doň stal pevnou súčasťou, preto sa nemožno čudovať, že sa spolupodieľal na formovaní srbského nacionálneho hnutia a, prirodzene, aj na zrode srbského spisovného jazyka. Výsledkom Šafárikovej angažovanosti bola opätovne po nemecky napísaná práca Serbische Lesekörner, oder Historisch-kritische Beleuchtung der Serbischen Mundart. Ein Beitrag zur Slawischen Sprachkunde (Srbská antológia alebo Historicko-kritické osvetlenie srbského nárečia. Príspevok k slovanskej lingvistike). Uvedené dielo bolo vydané v Pešti v roku 1833, teda v čase, keď strávil svoje posledné chvíle v srbskom Novom Sade. Na základe toho môžeme toto dielo považovať za istý dar na rozlúčku. Zhoršujúce sa materiálne a finančné pomery donútili Šafárika hľadať si nové učiteľské miesto, okrem iného aj na území Slovenska. Dňa 22. decembra 1832 sa rozhodol Šafárik podať výpoveď patronátu gymnázia, pričom uviedol, že zostane do konca zimného semestra. Onedlho (6. apríla 1833) natrvalo opustil Nový Sad a už nikdy sa doň nevrátil. Srbské prostredie bolo zaiste napriek všetkému Šafárikovi veľmi blízke po stránke vnútornej osobnostnej i vonkajšej vedeckej. Všade, kam sa dostal, či už sa ocitol v Novom Sade, Sriemskych Karlovciach, Fruškej gore, skúmal dejiny literatúry. Nemožno sa čudovať, že okrem zmienenej srbskej čítanky z roku 1833 napísal ďalšie obsiahle dielo, resp. prvú vedeckú prácu o srbsko-chorvátskom jazyku Dejiny južnoslovanskej literatúry. Dielo bolo vydané v roku 1826 a vďaka nemu ho srbskí lingvisti pokladajú za priekopníka srbskej filológie. Šafárik v priebehu pôsobenia na Dolnej zemi nezabudol ani na rodné slovenské prostredie. Popri vyhľadávaní historických prameňov sa s radosťou venoval zbieraniu slovenských ľudových piesní. Výsledkom jeho zberateľskej práce boli Písně světské lidu slovenského v Uhřích. Sebrané a vydané od P. J. Šafárika, Jána Blahoslava a jiných, vydané v roku 1823 v Pešti.
Napriek tomu, že P. J. Šafárik dostal viaceré zaujímavé ponuky zo slovenského prostredia, rozhodol sa pre Prahu. Ešte predtým mal veľký záujem o pracovné miesto v Petrohrade, ale tieto jeho snahy sa skončili neúspešne. Dokonca uvažoval o odchode do Nemecka. Pracovné uplatnenie v Prahe pre Šafárika nebolo hneď vybavenou záležitosťou. Vďaka svojim dielam sa vypracoval na vedúcu osobnosť v slavistike, ale aby sa mohol zamestnať v Prahe, museli jeho priatelia založiť peňažný fond a z neho spočiatku financovať Šafárikov pražský pobyt. Podobne nebolo ľahké nájsť si hneď vhodné zamestnanie. Údajne sa o tých ťažkostiach nikdy nedozvedel. Jeho existencia v čase pražského pobytu väčšinou závisela od 380 zlatých, ktoré ročne dostával od českých priateľov pod podmienkou: „Odteraz, čokoľvek budete písať, budete to písať len v českom jazyku.“ Na uvedenú dohodu sa možno pozrieť z dvoch uhlov: zvyšovala sa síce jeho osobná prestíž a vedecká zanietenosť v českých národných kruhoch, no znižovali sa možnosti finančnej návratnosti Šafárikových projektov zo zahraničia.
Na začiatku pražského pobytu v rokoch 1834 – 1835 pôsobil ako redaktor časopisu Světozor, následne v rokoch 1838 – 1842 ako redaktor Časopisu Českého musea. Desať rokov 1837 – 1847 pracoval ako cenzor. Obdobie vykonávania práce na cenzorskom úrade nebolo preňho jednoduchým obdobím. Doslova sa dostal medzi dva mlynské kamene, pričom na jednej strane musel znášať neustály nátlak z vládnych kruhov a na druhej strane čeliť kritike z radov českých národovcov. Išlo nepochybne o úmornú prácu, veď týždenne bol nútený prečítať tisíce strán textu, čo by bez podpory manželky nezvládol. A preto sa chcel Šafárik tohto postu vzdať, no úrady jeho odstúpenie neprijali. Napokon sa dôvodom odvolania z postu cenzora stal údajný mierny prístup k myšlienkam českých autorov, konkrétne Karla Havlíčka Borovského. Ešte v roku 1841 začal pracovať ako kustód v pražskej Univerzitnej knižnici, v roku 1848 sa stal jej riaditeľom a zároveň mimoriadnym profesorom slovanskej filológie na Karlo-Ferdinandovej univerzite v Prahe. V revolučnom roku 1848 sa P. J. Šafárik zúčastnil na Slovanskom zjazde, stal sa predsedom jeho československej sekcie. V úvodnej reči na začiatku zjazdu vystúpil s pomerne radikálnym prejavom a podporil idey, pre ktoré pragmaticky uvažujúci František Palacký radšej opustil zhromaždenie. Angažoval sa aj počas pražskej revolúcie, ale s použitím násilia sa nestotožňoval. Dokonca zmierňoval prílišnú horlivosť niektorých študentov. Po potlačení revolučných udalostí Šafárik oľutoval svoje predošlé počínanie, pretože naňho padlo podozrenie z panslavizmu. Je dôležité spomenúť, že Šafárik sa od študijných rokov snažil dištancovať od nacionalistických tendencií, ktoré by mohli vyústiť k násiliu. Vždy sa radšej priklonil k pokojnej vedeckej práci. Preto keď naňho padlo podozrenie, v strachu pred zatknutím spálil všetku korešpondenciu, o ktorej si myslel, že ho môže usvedčiť.
Počas revolučných rokov, ale aj v nasledujúcom období sa utiahol do úzadia. Jediný zmysel videl vo vedeckom bádaní. V roku 1848 sa krátko zaoberal otázkami výchovy a vzdelávania. Minister Alexander Bach ho poveril spolu s Karlom Jaromírom Erbenom členstvom v komisii pre slovanskú právnu terminológiu. Výsledným dielom komisie bol slovník Politische Terminologie der slawischen Sprachen Oesterreichs (Politická terminológia slovanských jazykov Rakúska). Vyšiel vo Viedni v roku 1850 so Šafárikovým krátkym predhovorom.
V posledných rokoch života sa u P. J. Šafárika čoraz intenzívnejšie objavovali psychické problémy. Pocity stresu a ohrozenia sa podpísali pod jeho duševné zdravie. Pod vplyvom strachu naďalej likvidoval svoju korešpondenciu. Príčiny vzniku psychického ochorenia sú o to nepochopiteľnejšie, že sa postupne zbavil materiálnych a finančných problémov, starostí o rodinu. Prevládajúce depresie dospeli až do takého štádia, že 23. mája 1860 sa rozhodol spáchať samovraždu. V ten deň skočil do Vltavy pri Reťazovom moste v blízkosti Národného divadla, no zachránili ho lodníci. Hoci sa po tomto neúspešnom pokuse jeho psychický stav dočasne zlepšil, v októbri 1860 sa Šafárik vzdal miesta riaditeľa Univerzitnej knižnice. Cisár František Jozef I. vo vlastnoručne písanom liste vyhovel jeho žiadosti a ponechal mu ako dôchodok plný plat, no ten si už nestihol veľmi užiť. Napriek zdanlivej duševnej čulosti začal chradnúť, strácať zrak a chodil len o paličke. Pavol Jozef Šafárik zomrel 26. júna 1861. Pochovali ho na evanjelickom cintoríne v pražskom Karlíne. Miesto Šafárikovho posledného odpočinku však zasiahla povodeň a jeho pozostatky po zrušení karlínskeho cintorína v roku 1900 previezli na Olšanské cintoríny.
Pražské obdobie účinkovania P. J. Šafárika, rovnako ako predchádzajúce novohradské, bolo charakteristické niekoľkými dôležitými prácami. Krátko po príchode do Prahy začal pracovať na svojom ďalšom rozsiahlom diele o dejinách a kultúre Slovanov. Dielo dostalo názov Slovanské starožitnosti a vydané bolo v roku 1837 s podporou Matice českej a Českého národného múzea. Približuje dejiny Slovanov od najstarších čias až do prijatia kresťanstva, to znamená približne do 10. storočia. Prínos Šafárikovej publikácie spočíva v tom, že spracoval dejinné príbehy všetkých slovanských kmeňov. Slovenské dejiny v spojitosti s moravskými spracoval oddelene od českých. V diele predstavil tézy o autochtónnosti a sídelnej komunite Slovanov v priestore pod Tatrami, vedecky zadefinoval kultúrny, štátoprávny a politický význam Veľkej Moravy. Názormi o úpadku slovenských dejín po zániku Veľkej Moravy sa stal autorom tézy o tisícročnej porobe Slovákov. Táto Šafárikova práca bola napísaná s použitím dobovej historiografickej metodiky dejepisectva poznačenou romantizmom. Slovanské starožitnosti sú bezpodmienečne cennou literatúrou z obdobia národného obrodenia. Po svojom vydaní boli Slovanské starožitnosti hneď preložené do nemčiny a do niekoľkých ďalších slovanských jazykov. V podobnom duchu sa nieslo dielo Slovanský národopis, ktoré bolo vydané v roku 1842. Jedná sa o pomerne skromnú prácu zobrazujúcu celý slovanský svet. Prináša základné informácie o počte, jazyku, kultúre a etnických hraniciach. Súčasťou uvedenej práce bola mapa slovanského osídlenia v Eurázii – Slovanský zeměvid. Išlo o pomerne presnú mapu, autor pri každom zo spomenutých slovanských jazykov stručne zaznamenal aj stručný historický vývoj. Slovenčinu predstavil ako „mluvu lidu horského, písemně nevzdělanou“ z dôvodu, že Slováci nemali ešte vlastný jazyk a preto používali češtinu. Hoci diela bernolákovcov považoval za slovenskú tvorbu no zároveň uvádzal, že išlo len o pokusy o spisovnú slovenčinu. Literárnu tvorbu Slovákov písanú v češtine zaradil do českej literatúry, pričom uviedol slovenský pôvod autorov. Obe uvedené diela boli výsledkom enormného Šafárikovho bádania a tvoria základné slovanské piliere. Medzitým v kolektíve s Františkom Palackým a v spolupráci s ďalšími národovcami vytvoril dielo Die ältesten Denkmäler der böhmischen Sprache (Najstaršie pamiatky českého jazyka). Z toho možno usúdiť, že Šafárik sa v rámci vedeckého bádania bližšie zaoberal tiež jazykom toho prostredia (slovanského kmeňa/národa), kde v danom čase pôsobil. Pravdepodobne preto nevytvoril ani obsahom hlbšiu prácu o jazykovej otázke Slovanov. V roku 1846 zostavil Ján Kollár zborník Hlasové o potřebě jednoty spisovného jazyka pro Čechy, Moravany a Slováky. Šafárik v príspevku poznamenal, že už príliš dlho žije mimo územia Slovenska, aby mohol objektívne hodnotiť a chápať dianie na Slovensku. Do značnej miery tým priblížil svoju hlavnú metódu – historická kontinuita prepojenosti prostredia, kultúry a jazyka. Historická stránka slovanských jazykov zaujala Šafárika natoľko, že prostredníctvom diela Pamiatky starého písomníctva Juhoslovanov, vydaného v roku 1851, vyložil a dokázal svoju macedónsku teóriu, ktorou sa postavil proti panónskej teórii Bartolomeja Kopitara a Josefa Dobrovského. Šafárik svojou teóriou zastával názor, staroslovienčina Cyrila a Metoda bola rovnoprávnym slovanským nárečím voči ostatným slovanským nárečiam a nebola teda ich matkou, pretože tou musela byť ešte staršia praslovančina. Dokonca zastával názor, že cyrilika je staršia ako hlaholika. Až na sklonku života po dlhoročnom výskume v diele Über den Ursprung und Heimat der Glagolitism (O pôvode a vlasti hlaholiky) z roku 1859 uznal prioritu hlaholiky.
Osobnosť Pavla Jozefa Šafárika si právom zaslúži byť stále sprítomňovaná aj medzi Slovákmi, a to i napriek tomu, že bol od nich telom vzdialený, no duchom prítomný. Veď to bol napokon on, kto sa stal zakladajúcim členom Matice srbskej a kto obratom, nespúšťajúc z mysle starosť o blaho slovenského národa, položil naším slovenským národovcom otázku, či by nebolo možné aj medzi Slovákmi zriadiť spoločnosť podľa vzoru Matice srbskej. Nech je nám teda táto jeho otázka impulzom pre ďalšiu prácu v slovenskom národe.
